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宗教裁判所（拉丁語：Inquisitio Haereticae Pravitatis），或稱異端裁判所、異端審判，是在公元1231年天主教教宗格里高利九世決意，由多明我會設立的宗教法庭。此法庭是負責偵查、審判和裁決天主教會認為是異端的法庭，曾監禁和處死異見分子
宗教裁判所的發展主要經歷了這樣三個階段：
在宗教裁判所成立之前，教會反對異端的任務通常由主教調查，並交由世俗法庭予以制裁。第三屆拉特朗大公會議（1179年）開始對此進行立法，成為後來十字軍對阿爾比派（Albigenses）鎮壓的法律依據。1224年皇帝腓特烈二世對異端執行了火刑，後格里高利九世對此蕭規曹隨。
最初，宗教裁判所建立在地方主教區，由主教掌握。由於主教有時不在自己的教區抑或公務纏身無暇顧及，導致當時的宗教裁判所效率低下。於是教宗格里高利九世在13世紀30年代發布通諭，建立直屬教宗管轄宗教裁判所。1231年教宗格里高利九世發表《絕罰通論》（Excommunicamus）來譴責異端，並想到新的措施來對付異端，在德國、法國北部、郎格多克以及義大利都設立了異端裁判所。而受派去異端裁判所的審判員大多都是多明我會的修士。在昔日歐洲，異端裁判所是聲名狼籍的，是不光彩的，但當時的異端裁判所並不是一個機構，充其量只是一系列的宗教審判員，[1]1252年，教宗依諾增爵四世進一步批准宗教裁判所可以在審訊用刑。可用刑罰包括沒收全部財產、鞭笞、監禁、終身監禁，不撤銷自己異端思想的下場是火刑。由於有權搜捕嫌疑犯及同夥，這使得人人自危。
宗教裁判所存在的幾個世紀中，以宗教為名進行了許多不當的審判。宗教裁判所限制了中世紀的西歐思想文化的發展，卻鞏固了教會的權威。另一方面，宗教裁判所與十字軍一樣，為天主教歷史留下污名。
中世紀宗教裁判所
1229年在土魯斯曾召開一個重要會議，為要對付當時迦他利派與瓦勒度派的勢力，所以在會議中決定除了詩篇和日誦祈禱書中所有經文以外，禁止所有的平信徒購買《聖經》，特別是所有的聖經譯本。會議中第二件重要性的行動就是異端裁判所的成立。中世紀後期的羅馬皇帝判迦他利派與摩尼教同為異端，得處以死刑。這段時期對異端狠毒的刑罰，使得迦他利派於百年後絕跡，而瓦勒度派也大摧殘。因為這早期的成功，以至於到宗教改革時期，羅馬教會仍沿用這種辦法對付之。
西班牙宗教裁判所
於1478年由西班牙伊莎貝拉女王（Isabella）要求教宗思道四世准許成立，用以維護天主教
的正統性，以殘酷手段懲罰異端，教宗思道四世雖曾指責，但教廷始終沒有禁止此種行為。
羅馬宗教裁判所
教宗保羅三世於1542年成立羅馬異端裁判所，對整個天主教世界的宗教審判所保有監督權。羅馬異端裁判所由教宗直接管理，有別於1478年建立的西班牙異端裁判所。保羅三世委任六名紅衣主教構成一個中央法庭，稱為神聖羅馬公教異端裁判部，這個機構要求認罪的被告進行公開悔過的苦行，包括自我鞭打，到聖地朝聖，罰款還有穿著表示被判刑者身分的服裝。此外嚴重者還會被沒收財產以及監禁，如伽利略即被判決受軟禁。
揚·胡斯被處火刑
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